Nuestra institución inició sus actividades en San Andrés de Giles el 14 de abril de 1914, a cargo de las hermanas de la Congregación del Espíritu Santo. Pasados 25 años, decidieron dejar la obra en manos de la Congregación, que por ese entonces se denominaba Instituto de la Bienaventurada Virgen María (IBVM).
Las primeras seis hermanas del IBVM eran de nacionalidad alemana y llegaron desde Chile en diciembre de 1939. En julio de ese año quedó conformado el primer plantel de docentes de primer a sexto año con una directora (todos ellos laicos). Al año siguiente, en octubre, fue aprobado el curso preescolar.
La incorporación de la escuela a la enseñanza oficial se registró el 29 de septiembre de 1926, y el reconocimiento, recién el 2 de febrero de 1962.
Desde esa época, nuestra institución se caracterizó por impartir enseñanza primaria. Sin embargo, en 1997, cuando el sistema educativo de la provincia de Bs. As, implementó la Educación General Básica (EGB) las hermanas crean el tercer ciclo, que se convierte en Educación Secundaria a partir de 2007.
Es en ese momento, que la escuela adquiere un número de DIPREGEP propio, quedando nuestro nivel Secundario bajo la denominación Colegio “Nuestra Señora de Luján”. En diciembre del 2012, egresó la primera promoción de Bachilleres en Ciencias Sociales y Ciencias Naturales.El encuentro internacional por la educación, realizado en Sudáfrica durante 2017, reunió a los colegios enraizados con el carisma Mary Ward de la Congregación de Jesús y del IBVM; fijó la brújula de los Colegios Mary Ward con el fin de orientar nuestras acciones cuidando las necesidades del mundo. Así el Colegio Nuestra Señora de Luján se unió a la Red Amerindia en América del Sur, integrada por instituciones de Brasil, Chile, Perú y Argentina.
